Theo đó, việc cấp C/O được áp dụng theo 3 quy trình  Luồng Xanh, Luồng Đỏ và Luồng Thông thường. Trong đó:

+ Luồng Xanh là chế độ ưu tiên được ưu tiên miễn, giảm, nộp chậm chứng từ, giảm thời gian cấp C/O và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình đề nghị cấp C/O;

+ Luồng Đỏ là chế độ cần kiểm soát, thương nhân phải nộp chứng từ chứng minh xuất xứ hàng hóa đối với tất cả các lô hàng, có thể được yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình đề nghị cấp C/O;

+ Luồng Thông thường là chế độ hiện hành trong quy trình cấp C/O ưu đãi theo quy định tại Nghị định số 31/2018/NĐ-CP ngày 08/03/2018 của Chính phủ quy định chi tiết Luật Quản lý ngoại thương về xuất xứ hàng hóa và các văn bản hướng dẫn liên quan.

Thông tư quy định chi tiết về chế độ Luồng Xanh, chế độ Luồng Đỏ; quy định về triển khai phân luồng trong quy trình cấp C/O ưu đãi, nguyên tắc chuyển luồng…

Thông tư  trên có hiệu lực kể từ ngày 15/08/2018.